Su esposa, Anneliese Ecker; hijos, Juan José (Sacerdote) y Elena Arnaiz Ecker; nieta, Marta (); hermanos, Gonzalo (Sacerdote) y Joaquín Arnaiz Álvarez; hermanos políticos, Elsa, Marta, Félix, Otto, José, Juan Antonio, Pili y María Cruz; sobrinos, Joaquín, Gonzalo y Alberto; demás sobrinos, primos y demás familia