Su esposa, Angeles Cuesta Huergo (); hijos, José Manuel y Sergio Junquera Cuesta (C. C. J. Junquera); hijas políticas, Marisa García y Dolores Fernández; nieto, David Junquera; hermanas, Oliva y Maruja Junquera Santianes; hermanos políticos, Pepe () y Pichi; Pepe Luis (), Amparo () y Sor Ludi; Maribel y Germán (); sobrinos, primos y demás familia