Su esposa, Ana María Flor Torrejón; hijo, Alejandro Amaya Flor; hija política, Rosana López Díaz; madre, Milagros Oliva Quintero (Vda. de Manuel Amaya Lobato); madre política, María de los Ángeles Torrejón Fontao (Vda. de Antonio Flor Betanzos); hermanos, Agustín, Aurora, Dolores y Francisco Javier «Paco» () Amaya Oliva; hermanos políticos, Sonia y Manuel; María Ángeles, María del Carmen y Antonio; Juanma , Antonio y Toñi; tíos, sobrinos, primos y demás familia